Portata a termine la missione di costruire la CEP ed eseauriti i finanziamenti del CIU, il CSCE non volle ridursi al ruolo di gestore di un Centro di Calcolo dotato di una macchina scarsamente competitiva. Dopo aver affidato la propria immediata sopravvivenza a un contratto dall’Euratom per ricerche sulle tecnologie digitali a stato solido, il CSCE si vide riconoscere il ruolo di Centro di Ricerca di interesse nazionale del CNR, per effetto di una convenzione stipulata il 31/7/62 dall’Università di Pisa con il presidente del CNR, Giovanni Polvani.
Successivamente l’affiliazione al CNR divenne permanente con la trasformazione del CSCE in un Istituto, che assunse la denominazione di Istituto di Elaborazione dell’Informazione (IEI).
Qualche anno dopo anche il CNUCE fu assorbito dal CNR. Pur continuando a svolgere il ruolo di centro di calcolo nazionale, anche il CNUCE fu configurato come un Istituto di ricerca del CNR. Nel 2002 IEI e CNUCE si sono fusi in un unico Istituto, denominato Istituto di Scienza e Tecnologie dell’Informazione “A.Faedo” (ISTI- CNR), che si è insediato nella nuova Area della Ricerca di Pisa del CNR. Anche dopo essere stati incorporati nel CNR, IEI e CNUCE mantennero strettissimi legami con l’Università di Pisa. Le risorse umane e materiali concentrate in questi Istituti resero possibile la costituzione del Corso di Laurea in Scienze dell’Informazione dell’Università di Pisa, avvenuta nel 1969 per iniziativa di Alessandro Faedo, rettore dell’Università. Questo corso fu il primo del suo genere in Italia e uno dei primissimi in Europa.
Gli Istituti IEI e CNUCE hanno poi continuato a fornire contributi di idee e di risorse umane al Corso di Laurea in Scienze dell’Informazione di Pisa e a quelli analoghi che successivamente sono stati istituiti in altre sedi universitarie. Nel frattempo veniva creato e si sviluppava il Dipartimento di Informatica dell’Università di Pisa, che a buon diritto può esser considerato erede e continuatore dello IEI e del CNUCE, al pari dell’Istituto di Scienza e Tecnologie dell’Informazione “A.Faedo”.
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